Ka pasur shumë njerëz me ndikim dhe shkencëtarë të shquar që morën pjesë në Projektin Manhattan. Ata erdhën edhe nga disa nga aleatët e Shteteve të Bashkuara, që gjithashtu po luftonin dhe që morën pjesë në Luftën e Dytë. Ajo që nuk është e njohur gjerësisht është se shumica e këtyre shkencëtarëve kanë qenë dezertorë dhe shkencëtarë gjermanë, që u larguan para dhe gjatë Luftës së Dytë. Me vete, ata sollën njohuritë e tyre të fizikës bërthamore dhe zhvillimin e armëve nga projektet bërthamore gjermane, si dhe punë e njohuri të veçanta.

Këta shkencëtarë nuk binin dakord me atë që gjermanët bënë gjatë luftës, dhe në protestë, i erdhën në ndihmë SHBA dhe Projektit Manhattan. Zbulimi i shkrirjes bërthamore nga gjermanët në 1938 ishte një faktor që nxiti eksodin masiv të shkencëtarëve në SHBA.

Cilët ishin disa prej më të spikaturve? Njëri ishte Leo Szilard, një fizikan hungarez dhe shpikës që kish kryer shkollën në Berlin. Një tjetër ishte Hans Bethe, një fizikan i lindur në Gjermani i cili erdhi në SHBA dhe mori nënshtetësinë në 1942. Më vonë, ai u rekrutua të punojë në Projektin Manhattan dhe udhëhoqi Divizionin Teorik. Fatkeqësisht, disa prej këtyre dezertorëve ishin edhe spiunë. Një prej tyre ishte Klaus Fuchs. Ai punoi në Projektin Manhattan, pasi erdhi në SHBA përmes Britanisë së Madhe. Më vonë u zbulua se i jepte informacione të klasifikuara bërthamore, Bashkimit Sovjetik.